Crysis 2 ги воведува играчите во опустошениот Њујорк, во средина каде што има напад од страна на застрашувачките вонземски непријатели. Непријателите се вооружени со смртоносно оружје и имаат исклучителни сензорски способности кои ги тестираат играчките способности. Овие застрашувачки непријатели шетаат по улиците на Њујорк и ги оставаат во хаос. Опкружени од катастрофалните уништувања, играчите со своите оружја имаат мисија да го спасат Њујорк.